Jörgen Pettersson utbildades vid Kungl. Musikhögskolan och erhöll, som förste saxofonist någonsin, skolans solistdiplom med jetong. Han studerade även för professor Jean-Marie Londeix vid Nationalkonservatoriet i Bordeaux där han erhöll Premier Prix.

Han verkar på den internationella nutida musikscenen som solist och i olika ensembler, på festivaler och konserter i ett femtiotal länder. Sedan 1984 spelar han i Stockholms Saxofonkvartett, en ensemble känd för att ständigt utmana gränserna för vad som sägs vara konstnärligt möjligt att åstadkomma. Han är medlem i KammarensembleN och Ensemble Son samt initiativtagare och festivalledare för Svensk Musikvår alltsedan festivalens nystart 2016.

Genom målmedvetet och nära samarbete med tonsättare i Sverige och utomlands har han fått mer än 800 verk tillägnade sig, såväl solokonserter som elektroakustiska verk och kammarmusik. Han har erhållit såväl Föreningen Svenska Tonsättares interpretpris som utmärkelsen Musikens möjliggörare för sina insatser för den nutida konstmusiken, inte minst arbetet med festivalen Svensk Musikvår. Han är hedersmedlem i Föreningen Svenska Tonsättare och ledamot av Kungl. Musikaliska akademien.